图牧吉自然保护区位于旗境南部的图牧吉镇内，距旗政府所在地音德尔50公里。东与黑龙江省泰来县接壤，西与兴安盟科尔沁右翼前旗毗邻，南与吉林省镇赉县相望，北与小城子乡为邻，地处大兴安岭山地与松嫩平原的过渡地带，也是我国温带草原与干旱草原的过渡地带。地质、地貌、植被的过渡性特点使之具有独特的地理景观。