卜奎清真寺坐落在繁华商业区----卜奎大街一条深巷里,（卜奎为齐齐哈尔旧称,因齐齐哈尔又名卜奎，故名。)始建于清康熙二十三年 (1684年)，早于卜奎建城七年，故有“先有清真寺，后有卜奎城”之说。总占地面积6400平方米，建筑面积2000多平方米，是300余年前的旧城内保存较为完整的建筑。从初建时的几间草房，经过多次修缮、扩建，形成了目前这座省内规模最大、历史最久、具有中华民族特色的伊斯兰宗教建筑。

该寺包括东寺、西寺、女寺三部分，过去分别挂牌为东寺、西寺、女寺，1958年合为一寺，1981年定今名。东寺始建于清康熙二十三年（1684年），西寺始建于1852年（咸丰三年），两寺相邻，布局相似，均为砖木结构的精美的宫殿式建筑。主体建筑由大殿、拜殿、窑殿、拱廓组成。