东大山自然保护区是河西走廊北山的一部分，东经100度45分-100度51分，北纬39度0分-39度04分，距张掖市城东30km处，呈西北西走向。东大山是中生代以来发育成的断块山，属阿拉善台块的一部分，在大地貌上具有断块山的一般特征。 保护区各类森林是河西走廊北山较完整的森林生态系统。