位于上海市崇明岛的最东端，南北濒临长江的入海口，向东缓缓伸向浩瀚的东海，并与南北大陆遥遥相对。崇明东滩保护区南起奚家港，北至北八港，西以1968年建成的围堤为界限，东至吴凇标高零米线外侧3000m水线为界，仿半圆形航道线内属于崇明岛的水域、陆地和滩涂。即位于东121050’―122005’，北纬31025’― 31038’之间。

　　崇明东滩保护区面积为326平方公里，属长江口典型的河口湿地。其中自然保护区在堤外滩涂的面积共265平方公里，包括吴淞标高零米线以上的滩涂为120平方公里，吴淞标高零米线以外宽度3000米内的水域145平方公里。堤内以人工湿地为主的面积为61平方公里。

　　崇明东滩位于长江入海口，处于我国候鸟南北迁徙的东线中部，地理位置十分重要。其生物多样性价值体现在物种的多样性和生态系统的多样性。东滩滩涂辽阔，拥有丰富的底栖动物和植被资源，是候鸟迁徙途中的集散地，也是水禽的越冬地。崇明东滩记录的鸟类达312种，迁徙水鸟上百万只。其中国家一级保护动物4种，国家二级保护动物43种。属中日候鸟保护协定的167种，属中澳候鸟保护协定的有51种。列入《中国濒危动物红皮书》的水鸟有12种。