水洞沟遗址2006年4月份由环球游报社、全国31家都市类报纸联合主办的“中国最值得外国人去的50个地方”评选活动获银奖殊荣。 
    水洞沟遗址的“张三小店”已全面恢复建成。它是农民张梓（ 1894 — 1964 ）所建。 1923 年 6 月，法国古生物学家德日进与桑志华发掘水洞沟遗址期间，在此居住。在张三夫妇的友好接待和配合下，德日进和桑志华在水洞沟发现和发掘了 5 个地点，共出土了 300 公斤以上的石器和一些动物化石，完成了推翻西方学者认为“中国没有旧石器时代文化”论断的伟大创举，从而揭开了中国旧石器时代考古的新篇章，张三和“张三小店”同德日进、桑志华一齐载入了发现和发掘水洞沟古人类文化遗址的史册。“张三小店”店内设施均根据张三妻弟赵龙老人的口碑资料进行布置，恢复了原貌。
    水洞沟遗址具有“中国明代最完整的立体军事防御体系”——长城、红山堡等城址经相关文物部门的批准开始进行保护和修复。10月中旬将对照壁、瓮城城门、红山堡大峡谷中的藏兵洞窟进行清理和修复，千人藏兵洞的开放将是中外游客吸引到水洞沟的又一大靓点。在大峡谷中，有多处土洞蜿蜒曲折于悬壁之中，借土筑台阶进入土洞,洞内分岔，有如迷宫，久久不见尽头。洞道内左右辟有土室,室内有通往大峡谷的小洞,通气透光。借暗光环视屋内,墙上有小龛,置有破碎陶器,似为油灯之属,在地上还可找到明代瓷器碎片。据专家考证,这里是古代藏兵之所,即民间传说中藏兵洞。 
   水洞沟旅游景区建立了水洞沟遗址完整的地层剖面。在水洞沟旧石器遗址研究中，除旧石器特征及其文化内涵外，最引人注意的是遗址地层剖面。水洞沟文化遗址与地质年代的地层关系密切。在发掘地点——1号遗址处的地质剖面上划分地层结构，对了解地质发育历史和鉴定出土石器、动物化石的相对时代意义重大。而对遗址剖面地层进行展示，则能直观地认识积淀在地层中文化遗址的分布状况和地质年代，使游客形象地了解到水洞沟地质发育的历史，最终认识水洞沟文化遗址极为重要的考古研究价值。中国科学院古脊椎动物与古人类研究所和宁夏文物考古研究所于2002年4—5月和2004年4月先后两次最新调查，水洞沟遗址剖面从上至下划分为8层具有代表性的地质地层。（附水洞沟遗址地质地层展示剖面图）