南郭寺中院内，一座砖砌花墙围护着一株古侧柏。树身分三枝，形如斧劈，南北倾伸。北倾两枝中一枝已枯断，每枝干径均在一米以上。这株古柏就是杜甫诗中所称的“老树”。
    1986年，北京市园林科学研究所古树研究人员到南郭寺对这株侧柏进行实地考察。并截取古柏标本用C14测定，确认这株古柏已有1628年——1728年的生长历史。并被誉为“稀世珍宝、罕见之树”。后又经二十余位专家共同观察测定，确认这株古柏已有2300年——2500年的生长历史。
    诗人杜甫是在乾元二年(公元759年)来南郭寺的。那时这株古柏已有一千多年的生长史。古往今来，不少文人墨客纷至沓来，观赏这株曾被杜甫赞美的古柏。明末清初书法家、诗人王予望曾赋诗赞：
   出门有兴便贪山，老柏青苍护酒颜。
   已是双株看不足，翩翩鹤影又飞还。
   消沉人代几何传，欲问佛天谁后先。
   抵祀少陵称尔老，于今历落又千年。
    历来人们习惯称此柏为“南山古柏”，南郭寺以“南山古柏”的称誉列入秦州八景之中。
 “柏抱朴”
    这株千年古柏腹中生长着一株小叶朴，别名黑弹树，落叶乔木。根部处干径达60厘米，且枝繁叶茂，果实满树。这样大的树中树实属罕见，堪称一绝。
“唐 槐”
    生长在山门两侧的两株参天古槐，高约25米，树围达6．8米，虬枝揽云、茂叶蔽日，两株古槐树龄在千年以上，俗称“唐槐”。是我市生长最为旺盛的古槐之一，为南郭寺古老历史的见证。
    中院西侧原有一株与山门侧同样大的古槐，朽毁于五十年代初期。
 龙爪槐
    生长在西院天王殿前的一株龙爪槐，别名盘槐。高约10米，树围1．8米，枝干似龙爪，弯曲下垂，看去似龙飞凤舞，树冠自然呈伞形，婀娜多姿。为中国庭院中常用的特色树种，这株龙爪槐已有300年以上的生长史。 
卫 矛
    生长在西院西北角斜插房脊而上的一株树是天水稀有之树种，名卫矛，别名鬼箭羽，落叶灌木或乔木。江南一带多为灌木，高3米，叶对生，倒卵状椭圆形，秋叶紫红。初夏开花，花淡绿色。葫果瓣裂，有角棱或翅。种子橙红色假种皮，可入药。此树生长在南郭寺得天独厚的自然条件下，高达15米，树围1．9米，树龄已达300余年，成长为高大乔木。
桑 树
    生长在北流泉过庭西侧的一株桑树，别名家桑。树高约1．2米，树围1.6米。落叶乔木，叶卵形，聚花果(桑椹)熟时紫黑色。此株桑树枝繁叶茂，树形美观，树龄已达100余年。
被毁的白皮松
    关圣殿后崖边，原生长着一株白皮松(白骨松)，高约20米，围达约4米。白皮松为中国特产及珍贵树种，生长速度中等缓慢，常青乔木。这株白皮松树龄约在千年以上，在秦城区范围属最大的一株。不幸在二十年代初期被地方军阀孔繁锦砍伐。