由于赛场内的水体是死水，不具备自然循环净化的条件，如果光靠补水和换水来保持水质，这个代价是不可估量的。为保持水质，减少巨大的换水资源和相关费用，顺义奥林匹克水上公园投资3000多万元，研究水体环境维护的关键技术，在场区内建立了一个地下的赛道水循环处理站。在百花堤下的一个房间里，可以看到赛道水循环系统的主要设备--从美国进口的八座水处理器。在这里，八座水处理器一字排开，看起来就像8座巨大的锅炉，他们之间以管线相连。在这里看到，已经变得污浊不堪的底水，经过净化，再次变成了可供使用的水。据介绍，这个水循环处理站的处理能力为每天72000吨，一个月左右便能将赛区内全部的水都循环一次。

　　由于水循环处理系统在对赛道水进行处理后，要进行系统自身的反冲净化，这样还将产生部分污水。为了净化这一部分污水，在赛道水循环处理系统的一侧又建设了尾水处理站，专门对循环系统产生的反冲污水进行净化处理，经过处理产生的中水将用于浇灌，沉淀下来的污泥将用作肥料。