雅乌国家公园正好处于亚马孙河两大支系河流之间，它的地质形成年代跨越了第三系和第四系，这使它具有一个得天独厚的机会，保护一系列非常引人注目的、特殊的生态体系。该公园是巴西最大的保护区，保护着世界上第二大的热带雨林，除此之外，公园中还有几个开放的热带雨林，从整个的黑水流域中分开。亚马孙地区还有几个保护区，保护着大量的黑水流域所特有的动植物群。