公园中的动物群数量丰富，有许多是与黑水生态体系密切相关的属种。脊椎动物分布密度较高：120种哺乳动物，411种鸟类，15种爬行动物，320种鱼类。公园中还有许多特有的保护物种。对于研究亚马孙河动物群来说，雅乌国家公园的重要价值在于：公园中大约拥有60%以上生活于黑水流域的鱼类以及60%以上出现在中亚马孙河地区的鸟类。  

　　雅乌国家公园在历史上是亚马孙河流域人类居住的家园。最近的考古研究在黑河的入口处识别出17处遗址，这表明这里有可能是连接索离穆艾斯和黑水地区的通道。无数的石头雕刻艺术品推动了考古学家对这里进行更深入的研究。