大西洋沿岸热带雨林保护区最主要的植被是被二三十米的高大树木遮掩下的各种湿润的热带阔叶林。这个地区可能是世界上现存的最大的云实属树木生长区。下层丛林因为光照不足，生长条件有限，但仍可见长势良好的棕榈树、兰花和苔藓地衣。在较为干燥的地区，棕榈树和藤蔓植物则更为常见。在大西洋沿岸热带雨林保护区内的许多地方有一些次生植物群，它们主要是由大量的真菌、寄生植物和浓密的灌木层组成的。在沙滩土壤中，按距海岸距离的远近，植被从潮湿的草原和灌木层到低矮的森林逐渐变化。而在裸露的沙石地区，生长着一些特定的耐旱植物，如：藤蔓植物、兰花属植物和地衣等。