博物馆的建筑形式颇有民族特色，中央塔楼采用侗族鼓楼重檐形式，东西塔楼采用苗族吊脚楼形式，以外观来强调黔东南是“苗侗之乡”。一楼作了家具城，陈列馆在二楼和三楼，由“黔东南概貌馆”、“少数民族风情馆”、“少数民族服饰馆”、“龙舟馆”和“现代民间工艺美术馆”等主题馆组成。