巴拿马位于北纬７～９度，地近赤道，除较高的山区外，大部分属热带海洋性气候，中北部和东部因受到东北季风的影响，气候高温多湿。面临太平洋的西南部，根据降雨量的多少分为干季和雨季，干季是１～４月，雨季是５～１２月。巴拿马一年大约有１２０～２６０天为多云气候，５～１１月经常大雨倾盆。山地北坡及加勒比海沿岸地多雨，年降雨量为１５００～３５００毫米。山地南坡及太平洋沿岸地带年降雨量为１５００～２０００毫米。降雨量多，温度也就非常高，因此气候显得热而湿，年平均气温在２７度。首都巴拿马城的年平均气温是２６．６度，加勒比海海岸的科隆市年平均气温为２７度。 山丘地带根据高度分成垂直的三个气候区：海拔６００～７００米的海岸低地占全面积的８７％，气温终年在１８度以上；海拔７００～１５００米的高原带，年平均气温为１５～１８度；海拔１５００米以上的高山带只占总面积的３％，年平均气温在１５度以下。