一八九八年以前，深水埔属中国新安县，主要有九华径、长沙湾、深水埔和九龙塘四个村落，人口约3000人，主要靠务农、捕鱼、航运货物维生。其中最大的村落是深水埔，亦为当时的市集。「深水埔」的名字，是由于当时位于现今北河街与通州街交界的一个深水码头而得来。（「埔」同「埠」，方言，意即码头。）