克孜勒苏柯尔克孜自治州首府在阿图什市，距乌鲁木齐1433公里，位于新疆最西部，地处天山南麓，昆仑山北段，塔里木盆地西北部。地处东径73°26′05″―78°59′02″,北纬37°41′28″―41°49′41″之间。东部与阿克苏地区的乌什、柯坪县为邻，东南部与喀什地区的巴楚、伽师、疏勒、英吉沙、莎车交界，西南部与喀什地区的塔什库尔干县接壤，北部和西部隔天山南脉与吉尔吉斯斯坦和塔吉克斯坦毗连。东西长约500公里，南北宽约140公里。