博尔塔拉蒙古自治州地处亚欧大陆腹地，位于新疆维吾尔自治区西北部。地理位置东经79°53′-83°53′，北纬44°02′-45°23′，东西长315公里，南北宽125公里，总面积为2.7万平方公里。东部与塔城地区相连，南部与伊犁地区相依，西北部与哈萨克斯坦共和国接壤，边境线长385公里。